隨著基于PCR技術的各種分子標記技術的發展，已有相當多的目標性狀在DNA水平上得到識別，利用分子標記輔助育種將大大提高育種效率。

　　Oh等利用RFLP和RAPD繪制了亞麻的遺傳連鎖圖譜，Spielmeyer等利用亞麻（Linum.usitissimum）雙單倍體（DH）群體構建了AFLP遺傳連鎖圖譜，利用該圖識別了兩個抗亞麻枯萎病（Fusariumoxysporum）的主效QTLs。Chen等將分子標記用于亞麻單倍體育種，利用一個ISSR引物（UBC889）和2個RAPD引物（UBC556and561），對16株花藥培養再生植株進行了鑒定，證明其中12株來源于小孢子。Ellis等進行了亞麻的轉座子試驗，并證明可以通過轉座子標記進行基因的分離。

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　　我國亞麻分子標記輔助育種應該側重于與亞麻抗倒伏、抗旱、耐漬、高纖、優質等經濟性狀緊密相關的基因的標記，為基因的克隆及轉基因研究奠定基礎，以便準確快速培育出理想的亞麻品種；更應注重亞麻遺傳資源特別是野生資源及其近緣種的收集、保存和利用，通過利用其基因源的多樣性來不斷豐富現有栽培種亞麻的遺傳基礎，以達到產量、品質、抗性的提高和改善。